カテゴリ:ライフサイエンス( 40 )
RIKEN Podcast
 RIKEN Podcast なるものが nature.com から配信されているのを偶然発見した。

Home : Riken podcast
The RIKEN Podcast each month highlights some of the best research recently published by RIKEN, one of Japan’s leading research organizations, by interviewing RIKEN researchers about their work.

 ここに nature.com が配信している Podcast の一覧があるんだけど、Genetics Podcast とか Physics Podcast みたいな一般的なテーマの中に、一研究機関の名前を冠した Podcast が混ざってるのには、ちょっとした違和感を感じる。まぁ、別に悪いことじゃない、というか良いことなんだろうけど。

 結局、これは、理研が nature (と島津製作所) の力を借りて Podcast を配信している、という捉え方で良いんだろうか?
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by fkmn | 2008-09-08 23:55 | ライフサイエンス
Re: プログラマーに比べ、バイオ研究者に飛び抜けた才能が現れない理由のひとつ
元分子生物学専攻で、ドロップアウト(?*)を経て今IT貧乏(笑)のオレがきましたよ(参考)。
(* いや、ドロップアウトというか、まだライフサイエンス業界には残ってるつもりではあるんですけどね。)


プログラマーに比べ、バイオ研究者に飛び抜けた才能が現れない理由のひとつ - バイオ研究者見習い生活 with IT

で、なんか書こうと思ったけど、個人的には、Hashさんのまとめの意見にほぼ同意。

  • 楽しみながらあれこれ試す風習がない
    • その基盤が未だない
  • ITみたいに、「思い立ったときに何処でも誰でも試行錯誤」ができない。
    • 人工的に生命をあれこれするわけだから、バイオハザードを考えると無理。
    • 施設と知識がなければ、そもそものスタートラインにたてない
      • 対してITは、たとえば僕が自宅の古いWindowsにLinux入れたいと思ったらWebに必要なリソースと情報がすべて揃っている
  • 試行錯誤の1サイクルが長い
    • 遺伝子組み替えて一晩、培養して一晩…
    • 1年研究してても、方向転換は1,2回まで
  • 扱う対象が生命であるため、おもしろがってハックすると倫理的にいろいろ言われる
  • 操作とその効果がすぐ目に見えない。
    • 視覚化それ自体が研究テーマになるくらい


 ただし、一カ所だけツッコミ。
でも現状は、プライベートなバイオロジーという考え方自体が不可能なわけで。
これはそんなことないですよ。Make Vol.2 では、「バックヤード・バイオロジー」という特集が組まれています。表紙にはでかでかと「生物をハックする」という文字が。家庭にある材料で、電気泳動とかPCR装置を作ったりする方法が紹介されてます(サンプルPDF はこちら)。

 こういう「バックヤード・バイオロジー」みたいなことが一般的になってくれば、日本からもいろんな才能が出てくるのかもしれませんね。
 

Make: Technology on Your Time Volume 02
Amazon.co.jp: Make: Technology on Your Time Volume 02: オライリー・ジャパン: 本
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by fkmn | 2008-04-14 23:55 | ライフサイエンス
PCR の歌
吹いた(笑)
Bio-Rad - Scientists for Better PCR

#以下のエントリ経由
いいなぁ。素晴らしい、このセンス。
日本の企業にも、こういうセンスが欲しいなぁ。


それにしても、国内のバイオ産業は、暗い話ばっかですねぇ。

ああ、いかん。話題が逸れた。
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by fkmn | 2008-03-31 23:27 | ライフサイエンス
次世代(DNA)シーケンサ
 次世代シーケンサが、いよいよ目の前の、対応しなければいけない事実として浮かび上がってきた。

 次世代シーケンサというのは、一言でいえば、今までのものと比べて、すごく高性能な (DNAの) シーケンサ(配列決定装置)。次世代シーケンサに付いては、幻影随想: 次世代ゲノムシーケンサの本命は?というエントリによくまとまっている。

 で、システム屋的に問題になってくるのが、そのデータの量。1回のランで、数ギガのデータが出てくるんですわ。そして、次世代シーケンサってのは、まだまだ精度的にそんなに高いわけではないので、何回か繰り返し測定して確度を高めていくわけだけれども、そのたびにどんどんデータ量がかさんでくる。正直、データを貯めるだけでいっぱいいっぱいですよ。

 そして、そんな現状で既に持て余しているような状況なのに、さらにスピードアップしたシーケンサが先日発表されたのだとか(統合ぐらし(2008-02-12))。なんと、1時間に100ギガ塩基、ヒトゲノムだと4分で読み終わってしまうらしい。


 いやはや、大変な事になってきた。
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by fkmn | 2008-02-20 23:55 | ライフサイエンス
第7回オープンバイオ研究
オープンバイオ - 第7回オープンバイオ研究会
オープンバイオ - 第7回オープンバイオ研究会 アブストラクト

10月17日の16:00から18:00、アップルストア銀座の三階にあるシアタースペースでの発表になります。特に予約などの必要は無く、無料でどなたでも参加して頂けます。ぜひご参加下さい。

Cytoscape Info.: 第7回オープンバイオ研究会詳細


 割と近場だし、テーマも面白そうなので行ってみようかな。僕自身は、「ビジュアライゼーション」的なソフト作るのは苦手です><。

 それにしても、後半のスケジュールが大変な事になってるなぁ。演題1つあたり5分って、LT ですかw。ドラは鳴るんだろーか?
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by fkmn | 2007-10-03 23:55 | ライフサイエンス
「バイオインフォマティクス技術者認定試験」復活
Japanese Society for Bioinfomatics - 平成19年度バイオインフォマティクス技術者認定試験
「バイオインフォマティクス砂漠」経由
平成19年度より新たに日本バイオインフォマティクス学会の主催で「バイオインフォマティクス技術者認定試験」を実施することになりました。

 平成18年度で終了したバイオインフォマティクス技術者認定制度が、JSBiの主催で復活するらしい("復活"という言い方は、もしかしたら正しくないかもしれない)。

 ただ、5000円の受験料(以前の半額)で試験の運営ができるのかが、若干不安ではある。前年度の受験者数が175人(資料(PDF))なので、今年度もほぼ同数の200人が受験すると仮定すると、100万円しか入ってこない事になる。これで、問題作成、会場と試験当日の運営スタッフの確保、採点、受験票と合格証の発行、等々 をこなすのはかなり大変そう。

 むしろ、受験料を下げるよりは、試験の難易度を上げた方が良いのではないだろうか?合格率が75% (←計算して、ビックリした(笑)) の試験なんて、リピーターは減るわ、価値が無くなるわで、主催者と受験者の双方にとって良い事ない気がする。
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by fkmn | 2007-07-28 23:19 | ライフサイエンス
ジェームズ・D・ワトソンが自分のゲノム情報を公開するらしい
asahi.com: ワトソン博士、自分のゲノム公開 DNA構造発見者 - サイエンス(「www.textfile.org」経由)
 DNAの2重らせん構造を見つけ、1962年にノーベル医学生理学賞を受けた米国の分子生物学者ジェームズ・ワトソン博士(79)のDNAの全遺伝情報(ゲノム)が今月末に公開されることがわかった。28日発売の米誌ニューズウィークが報じた。だれのものか分かるゲノムが公開されるのは初めてだ。

生物ネタも、すごく久しぶりな気がするw。

ワトソンも、もう79歳なんだなぁ。もうちょっと若いイメージがあったけど。


で、ちょっと気になったんだけど、
だれのものか分かるゲノムが公開されるのは初めてだ。
これには、ベンターは含まれてないのかしらん?「セレラが公開したヒトゲノム情報には、ベンター以外の人間に由来するものも含まれてるよ」とかそういう事なんだろうか?

ググって見たらこんな記事が見つかって、そこには
ところが、セレーラ社の場合、ほとんどの解析データが、社長自らのデータだった、というのです。
とあるから、由来が明らかなゲノム情報が公開されるのはワトソンのものが初めて、というのはちょっと語弊があるような気がする。
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by fkmn | 2007-05-30 23:55 | ライフサイエンス
バイオインフォマティクス技術者認定制度が終了するらしい

この状況を踏まえ、当検定を運営してきました検定委員会ならびに認定事業委員会の委員とも相談しました結果、平成18年度をもちまして検定試験を終了することとなりました。

検定試験終了のご挨拶より引用】


工工エエエエ(´Д`)エエエエ工工

実は、無くなるという話はちょっと前に聞いていたんだけど、Webサイトの方にも正式なお知らせが出ていたのを見つけたので、ご紹介。

受験料と認定証発行手数料合わせて一万円以上が、水泡と帰しました・・・。
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by fkmn | 2007-03-05 23:50 | ライフサイエンス
田舎に同じ苗字の人が多い理由、ミトコンドリア・イブの誤解
苗字の多様性が減って問題があるのかどうかは不明ですが、現象としてはあるかもと想像してみました。
Geekなぺーじ:日本中が佐藤さんと鈴木さんになる日

 日本全体の規模で考えるとちょっと分かりづらいけど、田舎のように規模が小さくて、そしてある程度外部との交流が限られていたりする場所では、割と普通に見られる光景ですよね。「この辺、XXさんばっかじゃねーか」みたいな。

 話のスケールを少し大きくすると、実はミトコンドリア・イブというのも、これと同じ現象から来ています。人類発祥初期のまだ人類の数がそれほど多くない時期に、遺伝的変動によって "偶然" 残った1系統の祖先の女性が「ミトコンドリア・イブ」だというのが、本当の話です。ミトコンドリア・イブの存在は、「イブ一人から人類が始まった」ということを表しているわけではありません。
(参考:ミトコンドリア・イブ - Wikipedia

 ミトコンドリアも、苗字と同じように、片親からしか受け継がれませんから、上記二つの話は、基本的には同じ話です。なので、遠い将来、日本人の苗字が数種類にまで減ってしまうというのは、「妄想」という程のものでもなかったりします。(ただ、そんなに長い間、日本という国があるのか?むしろ、人類文明が残っているのか?となると、はなはだ疑問ですが。)


*この辺りの話を、数式できちんと説明できればカッコいいんだけど、僕にはそういう素養は無いので、検索して見つけたエントリーを置いておきます。「Geekなぺーじ」さんのコメント欄でも、同じエントリーが投稿されてるけど、あれは僕ではありませんので、あしからず・・・。

参考:最尤日記: イブは何人? --- 単為生殖の系統生存確率
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by fkmn | 2007-02-25 23:47 | ライフサイエンス
ネアンデルタール人ゲノム解析とその配列決定手法
ネアンデルタール人のゲノム断片の解読と解析に成功 - ウィキニュース
ドイツとアメリカ合衆国の研究グループによって、ネアンデルタール人 Homo neanderthalensis のゲノムが解読された。両グループの研究結果は11月16日の英ネイチャー誌と11月17日の米サイエンス誌に報告された。今回の解読は全遺伝情報を網羅したものではないが、化石標本からのゲノム解析が可能であることを示した例となる。

  ドイツの Pääbo らのグループが約100万塩基対、アメリカの Rubin らのグループが約6万5千塩基対を、化石になった骨から解析したらしい。Natureでは、Webの特集ページが組まれている(原著論文もフリーで読める)。

 ネアンデルタール人のゲノム解析とか、化石化した骨からのDNA配列の決定とかにももちろん興味を引かれるけど、個人的に印象に残ったのは、その配列決定手法。

 アメリカのグループは正攻法(要はゲルとかキャピラリーでの電気泳動)で配列を決めたらしいんだけど、ドイツのグループは、従来とは異なる、ビーズを使った方法で配列を決めたらしい。この採用した手法の違いが、そのまま100万 vs 6.5万というスループットの差に反映されてるんだろうか? 時代は確実に変化してるんだという事を今更ながら実感。

 ちなみに、ビーズを用いた配列決定法の原理については、Flash による説明があった(「kaho の日記」さん経由)。

 次は、クロマニョン人あたりのゲノム解析だろうか?(むしろもう始まっていたり?)
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by fkmn | 2006-11-26 23:44 | ライフサイエンス


とあるWebアプリケーションエンジニアの日記
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