カテゴリ:ライフサイエンス( 40 )
バイオなデータベースをO/Rマッパーで
 先日行われた「第4回オープンバイオ研究会」のスライドが(一部)公開されているのを発見。

 恥ずかしながら、O/Rマッパーって使った事無かったりする。というか、実はSQL大好きっ子だったりするので、SQLを書くのがあんまり苦じゃない(スライド冒頭にあるようなSQLを書くのは日常茶飯事)。だから、O/Rマッパーに対する魅力もあんまり感じてなかったんだけど、ちょっと使ってみようかと思ったりした。

 元々、「ActiveRecord って、主キーに、複合キーではなく、代替キーを使うんでしょ?めんどくさくない?」と思ってたんだけど、むしろ「業務意味のあるカラムを主キーに使うな」みたいな考え方も出てきてるらしい。確かに、O/Rマッパーなんかを使う場合は、そっちの方が良いかもしれない。手動でテーブルをJOINする場合は、主キーに業務意味がないとやりにくかったりするけど。

 それから、Ruby の ActiveRecord は「Active Record」というパターンを元にしている事を今更知ったりする。パターンなんて GoF の23個しか知らなかったよ・・・。
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by fkmn | 2006-11-06 23:21 | ライフサイエンス
10/7 のサイエンスZERO
 10/7放送の「サイエンスZERO」について。
 興味のある内容だったので、久々にテレビの前に座って、番組を見た。

 この日のタイトルは、「生命の営みをになうタンパク質」。最近の(日本の)タンパク質研究についての紹介が主な内容。

 話題は以下の3つ。
  1. タンパク質研究のがん治療への応用
  2. タンパク質の立体構造について(タンパク3000プロジェクトとか)
  3. 人工タンパク質

 タンパク3000 については批判もある (Nature 443, 382; 2006) みたいだけど、タンパク質研究では日本が国際的にリードしようというチャレンジは、個人的には応援したい。

 それから、番組で紹介されていた人工タンパク質については、理研のプレスリリースがあった。そういえば、以前にこの記事を見た覚えがあるなぁ。最終的には、ありとあらゆる人工タンパク質を合成できるようになる事が理想なんだろうけど、そこまで行くには、まだまだ道は遠そう。
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by fkmn | 2006-10-08 23:33 | ライフサイエンス
ミツバチも「覚悟はいいか? オレはできてる」と言っているに違いない
「日本のスズメバチvsヨーロッパのミツバチ」のムービー - GIGAZINE
3万匹もいるミツバチの巣がわずか数十匹のスズメバチに襲撃されて全滅する戦慄のムービーをどうぞ。


 上で紹介されている動画のミツバチはやられっぱなしだが、スズメバチに対抗する手段を持ったミツバチもいる。この動画を見て、数年前に或るシンポジウムで聞いた話を思い出した。


 襲ってくるスズメバチに対して、ミツバチはスズメバチを集団で取り囲み、熱殺するという対抗手段をとる(ニホンミツバチの集団防衛)。
オオスズメバチの攻撃に対する対抗手段として,ニホンミツバチは蜂球を作りオオスズメバチを熱殺するという戦術をとります.オオスズメバチが46℃で死亡するのに対して,ミツバチは48℃まで耐えられるというこの温度差を利用したもので,ニホンミツバチの巣の近くにオオスズメバチの死体が落ちているのをよく見かけます.

 もちろん、スズメバチに積極的に襲いかかり、自身の限界ぎりぎりまで体温を高める必要があるので、犠牲がゼロで済むわけではない。ミツバチにとっては大きな危険を伴う行動で、集団を守るための利他的な行動だと言える。ただ、このような行動をとるミツバチは集団の中でも一部の個体だけで、すべての個体が勇敢にスズメバチに立ち向かうわけではない。

 で、東大の研究チームが、攻撃性を見せる個体とそうでない個体の違いに興味を持って、両者の遺伝子発現の差異を調べたところ、攻撃性を見せる個体にだけ、あるRNAが存在している事が分かったらしい。そして、ここが一番面白いところなんだけど、そのRNAの由来を調べたところ、実はそのRNAは、ミツバチのゲノムDNAから転写されたものではなく、ミツバチに感染したウィルスのゲノム由来のものだということが分かったのだとか(Kakugo virus --東京大学大学院理学系研究科生物科学専攻細胞生理化学研究室)。

 このウィルスを発見した研究チームは、ウィルスに"Kakugo"という名前をつけて、さらに詳細にウィルス感染とミツバチの攻撃行動の関連を研究中だ、というのがシンポジウムで聞いた話だった。いろんな意味でキャッチーな話だったので、よく覚えている。


 蛇足になるけど、Kakugoウィルスの話からさらに連想して、「ジョジョの奇妙な冒険 第5部」の名ゼリフを思い出した。それがタイトルのセリフ。ミツバチとブチャラティの姿が妙に重なってしょうがない(笑)。
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by fkmn | 2006-07-29 23:30 | ライフサイエンス
「Nucl. Acids Res. Web Server issue」が出た
tetraの外部記憶箱」さんより(NARのページはこちら

 それにしても、この量は何だろう・・・。タイトル眺めつつ、気になるのは Abstract を読んだりして、さらに気になるのは実際にちょっと使ってみたりしてたら、1-2時間はあっと言う間ですよ。

 ただ、ある意味 絶好のまとめページとも言えるわけで、個々をチェックしつつ、全体の流れをつかんでおきたいところ。全体的な雰囲気としては、タンパク質関係のツールが多い感じがする。


気になったサービスを一つメモ。

CUPSAT
 点突然変異導入後のタンパク質の安定性を予測するツール。PDBに登録されている構造(もしくは、自分で作成したpdbファイル)を利用して、任意のタンパク質の1つのアミノ酸を置換した場合の安定性を予測してくれる。

 試しに、過去作った事のある変異タンパクをツールにかけてみた。うーむ・・・、あまり精度よく予測してくれない・・・。やっぱ、この辺の技術は難しいんだなぁ。
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by fkmn | 2006-07-18 23:47 | ライフサイエンス
早大教授の研究費不正使用
 早稲田大学の松本和子教授(すでに辞表を提出されているようだが)による、研究費の不正使用疑惑で、早稲田大学だけではなく、日本の科学業界全体が大きな騒ぎになっている。というのも、渦中の松本さん(あえて”さん”付け)が、国際的な化学組織 IUPAC の副会長だったからだ。さらに、来年には会長への昇格も予定されていたという。要は、自然科学の分野でいえば、日銀総裁に勝るとも劣らないくらいの要職に就いている人なのだ。

 そこまでの人が、国からの研究費を個人投資にまわしていたとのこと。ありえない・・・。しかも、先々週の時点では、疑惑はこの一点だけだったんだけど、それから疑惑が出るわ出るわ。論文ねつ造と架空取引だとか。

 この件に関しては、「5号館のつぶやき」さんのエントリー」が詳しい。僕なんかよりも、実際に現場(大学)で研究している方のほうが、この事件に対する問題意識や危機意識は強いみたいだ。また、このエントリーから、この事件に言及しているブログをたどる事も出来るが、さすがに松本さんを擁護する意見は無い模様。ここまで来ると、弁護のしようもないということか。


 この事件の一連の流れを眺めていて、ソニーで起こったことが自然科学の業界でも起こってるんじゃないかと、そう感じる。つまり、経営層が技術者を軽視して経営判断を行ったように、国が研究者側の都合を無視して研究資金の配分を決めているような、そんな感じ。それが、今回の事件の原因になったんじゃないだろうか?

 じゃあ、解決のためにはどうすれば良いかって? うーん。そうだ!(ひらめき) ポスドク1万人計画で生まれた博士取得者たちを、公務員として(もしくはJSTあたりに)採用するというのはどうだろう。研究現場を知る人間なら、より適切な形で研究費の配分を行ってくれるに違いない。さらに、ポスドクの雇用問題も解決される。まさに一石二鳥。どうでしょう?(←誰に聞いてるんだ?)
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by fkmn | 2006-07-02 23:18 | ライフサイエンス
Bioclipse
ケムインフォマティクスに虚空投げ」さんのエントリーより

 Bioclipse は Eclipse をベースにしたケモ/バイオインフォマティクスのRCP (Rich Client Platform)。一つ残念なのが、Windows と Linux 向けのバイナリしか提供されてないこと。Mac じゃムリポ。

 会社のPCにこっそりインストールして、少し試してみた。やっぱ、Eclipse なので若干重いのが気になるが、化学構造関係の機能はかなり充実していそう。ただ、インストールに若干癖がある(あらかじめ Java の5.0をインストールして、パスを通さないといけない)のが難かな。

 公式サイトのスクリーンショットを見ると、PDBのテキストをその場で編集したり、NMR のスペクトルを管理したり、分子構造式を描いたり 等、相当いろいろな事が出来るようだ。さらに、Pluginでの機能拡張も可能。これはもう、関係者は入れるしかないのでは。
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by fkmn | 2006-06-27 23:45 | ライフサイエンス
岐阜大のBioinformatics Wiki
FrontPage - Bioinformatics-Wiki

 偶然見つけたページ。岐阜大の鈴木 徹 助教授による大学の講義資料。(主に Mac での)バイオインフォマティクスについて、基礎から丁寧に解説されています。「お役立ちソフト」には、様々なフリーツールの紹介もアリ。CLC Free Workbench とか eBiotools(ちなみに、両方とも Mac OS X 用)を知らなかった僕は、もしかしてモグリ?
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by fkmn | 2006-06-26 21:40 | ライフサイエンス
オーストラリアのヒト遺伝子突然変異データベース作成計画
GIGAZINE - 人間の遺伝子突然変異データベース作成計画
(元ネタは、こちら

 ヒトの遺伝子疾患のデータベースは、すでに OMIM (Online Mendelian Inheritance in Man) があるけども、これを越えようとしてるんだろうか?それとも、別路線を目指すんだろうか?

 Google が資金提供に興味を示しているらしく、これが技術提供にまで話が進めば、結構凄いものが出来てしまうかもしれない。

 しっかし、科学業界においても、Google の存在は無視できなくなってるなぁ。ここ最近の Nature にも、Google の名前が出ない号は無いくらいだし。
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by fkmn | 2006-06-24 23:41 | ライフサイエンス
"今月の分子"はルシフェラーゼ
a0057891_2384753.jpg
 PDB (Protein Data Bank)Molecule of the Month で、今月はルシフェラーゼが紹介されている。

*左の図は、PDB ID 2D1S を元に、David S. Goodsell によって描かれたゲンジボタル由来のルシフェラーゼの立体構造

 このルシフェラーゼは、ホタルの光(歌じゃないぞ)の元になるタンパク質だ。ルシフェラーゼが、ルシフェリンと呼ばれる発光物質(左の図で黄色く光っている物質)の化学反応を触媒することで、光が発生する(ホタルの発光メカニズム・ルミノールのメカニズムについて/株式会社ルミカ)。
# てっきり、GFPのようにタンパク質自身が光るもんだと、誤解していた・・・。

 ルシフェラーゼが発する色は、普通は黄緑色だけれども、ルシフェラーゼのたった一つのアミノ酸の種類を変えるだけで、この色を赤く変化させる事が出来る。これが初めて発見されたのは15年前なのだが、なんで色が変わるのかは、ずっと分からなかったらしい。

 で、結晶構造からその謎を明らかにした論文が、3月のNatureに掲載された。論文の著者は日本人で、Spring-8で結晶構造を解いたようだ。素晴らしい。

a0057891_22381264.gif

*画像は PDB ID 2D1S および 2D1T から作成した。

 論文の画像をそのまま使うのはマズそうなので、自分で画像を描いた(結構久しぶり)。上の図は、286番目と288番目のアミノ酸の位置関係を、野生型は緑、セリン→アスパラギンの変異タンパクは赤で示している(右側の黄緑色の分子は、発光物質のルシフェリン)。左側に表示されているアミノ酸(Ser/Asn286とラベル)をセリンからアスパラギンへと変えることによって、右側のイソロイシン(Ile288とラベル)の位置と向きが大きく変わっているのが分かる。これによって、ルシフェラーゼが発する光が黄緑から赤に変わるらしい。

----- 6/28 追記 -----
 上で、”位置と向きが大きく変わる”と書いてるが、数字で言うと、その変化は1.5 Åに過ぎない。今流行のナノテクなんかは、nm (ナノメートル) の単位で話をするが、タンパク質工学はさらにその1/10の単位 (1 Å = 0.1 nm) で話が進む。
----------------------

 全体からするとほんの一部分を変えただけなのに、見た目に大きな変化がある(場合がある)のが、タンパク質の面白いとこですわ。
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by fkmn | 2006-06-22 22:51 | ライフサイエンス
Ensembl が v39 へ
 Ensembl のバージョンが39になった(「某のウェブログ」さんより)。以前のエントリー(こことかここ)にも書いたけど、Ensembl みたいな公共データベースからデータを取ってくるシステムを作ったりすると、バージョンアップの時なんかはドキドキもんだ。ちゃんと動いてるだろうか?(特に Ensembl は、API の仕様とか、DBのスキーマとかをしょっちゅういじってるっぽいからなぁ・・・)
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by fkmn | 2006-06-21 23:52 | ライフサイエンス


とあるWebアプリケーションエンジニアの日記
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