カテゴリ:ライフサイエンス( 40 )
第20回国際生化学・分子生物学会議
 第20回国際生化学・分子生物学会議が、始まっている。てっきり、今日から開始だと思ってたら、昨日からだったという罠。

 今年は、生化学会と分子生物学会が合同で開催し、国際会議という形になっている。分子生物学会の方は、去年の12月に年会をやったばかりで、すぐさま翌年の6月に開催ということで、なかなか発表者が集まらなかったとか。で、結局いつもの12月にも年会チックなものをやるらしい。

 しかし、生化学会と分子生物学会が合同だなんて、何人位の規模になってるんだろうか?考えるだけでうんざりしてしまう。うちの部署からも何人か行っているが、ちゃんと目立てているんだろうか?
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by fkmn | 2006-06-19 23:52 | ライフサイエンス
半核生物?
 これまで世の中に知られている生物は、例外なく2つのグループに分類する事が出来る。分類の基準になるのは、「核を持つかどうか?」。DNAが核で包まれているものは”真核生物”、DNAがむき出しのものは”原核生物”と呼ばれる。

 真核生物(一発変換できん・・・)には、人間なんかが含まれるけど、実は酵母も真核生物だし、カビも真核生物だったりして、(日常的な感覚からすると)かなり幅が広い。これに対して、原核生物(こっちは、一発変換できるな)は、大腸菌とか虫歯菌が含まれる。

 これが常識。

 だったんだけれども、なんと、この常識に当てはまらない生物が見つかったらしい。

Sankei Web 社会 不完全な核膜を持つ未知の微生物 東京医大グループ発見
東京新聞 社会 進化解明に光未知の微生物

 どうやら、見つかったのは、DNAが核膜とは呼べないような代物で包まれた生物らしい。真核でも原核でもないこの生物は、あえていうなら”半核”か?なんだかインターネットで使ったら嫌われそうな用語だw。(念のため言っとくけど、”半核”というのは、僕がネタで言ってるだけですヨ)


 ちなみに、一部気になったのが、
真核生物と同様の、ほぼ完ぺきな形のミトコンドリアを細胞内に持っていることも分かった
という部分。”ほぼ”という事は、どっか違うっていうこと?これは、共生説を否定する証拠なんだろうか?それとも、共生後も進化を続けたって事?
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by fkmn | 2006-05-31 23:32 | ライフサイエンス
Ontology Lookup Service
 Ontology Lookup Service (OLS)

 お客さんに教えてもらったオントロジービューアー。バイオインフォマティクスを目的として開発されたが、フォーマット(Open Biomedical Ontology (OBO) format)さえ満たしていれば、特に分野に関係なくデータを取り込んで表示が可能らしい。

 インターフェースにAjaxを使っていて、良い操作感。お客さんも、JavaアプリのDAG-Editより、こっちの方が操作しやすいと言っていた。SOAPでプログラム経由でのデータの取得も出来るらしい。んで、ベースシステムはStruts。かつ、オープンソース。なかなか”今”を意識した作りだ。
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by fkmn | 2006-05-26 23:55 | ライフサイエンス
遺伝子発現データベースが数十分で出来あがる

 もう時代は「Lightweight Language + MVCフレームワーク」で決まりだな、と確信させられてしまうようなエントリー。仕事なんかでも、バリバリこのあたりの技術を使っていきたいところだけど、会社の雰囲気的にはやっぱり Java > Perl な感じなんだよなぁ (Rubyに至っては、「そんなダジャレみたいな名前の言語使えるわけ無いじゃんw」位のレベル)。

 というか、今担当している案件はWindowsアプリ中心だから、そもそもWebアプリの技術を活用できる場なんてほとんどないんだけど。


 5/14 追記
 ichanさんが作った遺伝子発現データベースに、nakao_mitsuteruさんがウェブサービスAPIを追加。

 構成的 - 11 分のあれに 5 分くらいでウェブサービス API を追加するシナリオ

 RoRすごい
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by fkmn | 2006-05-10 23:38 | ライフサイエンス
BioPerl と Ensembl API
 仕事で、BioPerlEnsembl APIを使う事になり、ちょっとしたバイオインフォマティシャン気分。楽しい、楽しい。とりあえず、BioPerlに慣れるために、資料を見ながら小さいスクリプトを作って遊ぶ。BioRuby Wikiの中のページが一番分かりやすくまとまっているのは、気のせいだろうか?(笑)

 最終的な目的(というか顧客の要望)は、DNAマーカー情報の取得なんだけど、意外とそういう機能がないっぽい。dbSNPとかUniSTSあたりからデータを持ってくる方法って、誰か知りませんか?まぁ、探してみたところ無いっぽいんで、Ensemblから撮ってくる事になったわけですが・・・。
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by fkmn | 2006-04-17 23:53 | ライフサイエンス
ヒトゲノムマップ
 文部科学省から「ヒトゲノムマップ」というものが配布されるらしい。

a0057891_23365589.jpg

 上のサイトからPDF版もダウンロードできる。染色体上の位置が特定された遺伝子が、シンプルに分かりやすくまとめてあって、良い感じ。 
 
 ちなみに、この一枚バージョンに収まらなかった情報については、Web版で詳細を見れるらしい。Web版の方は、インターフェースがかっちょええなぁー。Ajaxもいいけど、演出的にはやっぱFlashだなぁ。
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by fkmn | 2006-04-15 23:57 | ライフサイエンス
遺伝学的ルーツを公開してみる
 以前のエントリー で、「The Genographic Project」 でのDNA解析を申し込んだという事を書いて、サンプルまで送り返したんだが、最近までその事をすっかり忘れてしまっていた。

 で、先日確認したところ、もう結果が出ていた。
a0057891_0491294.jpg

 こんな感じで、アフリカのアダムからアラビア、インド、東南アジア経由で日本にやってきた (であろう) という事らしい。

 で、実際のDNA解析結果がこちらa0057891_0492130.gif
Type: Y-Chromosome
Haplogroup: D (M174)

DYS393: 13
DYS19: 17
DYS391: 10
DYS439: 12
DYS389-1: 14
DYS389-2: 17
DYS388: 12
DYS390: 25
DYS426: 11
DYS385a: 13
DYS385b: 17
DYS392: 11


 今回の解析はSTR (Short Tandem Repeat) というDNA上の目印を使って行われている。生物のDNAには、ある特定の配列が繰り返し表れる部分があり、特にその繰り返しの数が個体ごとに異なる場合が多い部分がDNAの目印として使われる。上の図で言うと、DYS393というのが目印の名前で、その右の13というのが繰り返しの数である。この繰り返しの数が人によっては12だったり14だったりして、それで個体を区別する事が出来る。

 複数の目印を調べて、それをグルーピングしたものがハプログループで、僕のハプログループは"D" (DNAマーカー名 M174) という事らしい。このグループの遺伝学的背景は次の通り。

 M174は約6万年前にM168から派生したグループで、M168というのは"ユーラシア アダム"という人間を祖先とするらしい。このユーラシア アダムは、現在アフリカ以外の土地に住む全ての人間の祖先になるそうで、彼の子孫がアフリカから各地へ移住したらしい。M174をもつ人たちは、食料の豊かなインド、東南アジアを経て、日本へやってきたそうな。

 M174は日本人に多いマーカーで、実に約40%の日本人がこのM174マーカーを持つ、とも解説されている。


 個人的には、フツーの結果が出てしまって、ちょっとがっかり (本当は彼女のようにちょっと変な結果が出てくるのを期待していたんだが)。でも、DNAを見るだけで、自分とアダムの繋がりを感じる事が出来るのは、やっぱりロマンだよなぁ。
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by fkmn | 2006-04-09 00:50 | ライフサイエンス
データベースのデータベース、「WING」
某のウェブログ」さんより

 以前のエントリーで「こういうのがあればいいのに」という話をちょろっとした、生物関連データベースを検索するためのWINGというサイト。

 ただ、実際に形になったものを見て、「ちょっと違うな・・・」と感じてしまうのはどうしてだろう。単純にデザインの問題かもしれない。もうちょっと、かっこ良くすればいいのに。

 ちなみに、1勝1敗でした (何が?)
 というか、負けてる時点で、ちょっとヤバい気が (だから何が?)
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by fkmn | 2006-02-16 01:36 | ライフサイエンス
"今月の分子"はα−アミラーゼ

PDB (Protein Data Bank) というタンパク質の立体構造データベースのサイトで、毎月一つの分子について紹介している「Molecule of the Month」コーナーがある。日本語にすると「今月の分子」というこのコーナーは、2000年から始まっていて、結構面白いので学生時代は割とチェックしていた。

 が、唯一不満だったのは、僕が研究していた「α-アミラーゼ」がいつまでたっても紹介されない事である (今、Wikipediaのアミラーゼにリンクを張ろうと思ったら、ろくな解説がない。クソ、後で書き直してやる。。。)。α-アミラーゼと言えば、中学の生物の教科書にも出てくる (出てきたような気がする) くらいのメジャーな消化酵素 (タンパク質) なのに、これは何事なのか?といつも思っていた。で、学校を卒業してからもたまにチェックしていたんだけれども、今月、やっとα-アミラーゼが紹介されましたよ!

 上に表示されているのが、ブタの膵臓のα-アミラーゼです。α-アミラーゼはデンプン (お米とかに含まれてるやつね) を分解する消化酵素で、上の絵の黄色の部分がデンプンに相当する分子ですな。あの部分にデンプンがくっついた後、分解されるわけです。
 
 学生時代は、こんな画像を自分のPCでグリグリ動かしながら、ああでもない、こうでもないってやってたわけです。あー、懐かしいなぁ。
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by fkmn | 2006-02-12 00:53 | ライフサイエンス
人類の旅
 「Life is beautiful」さんのDNA マーカー『M122』を持つ人は、お米が大好き!?というエントリーで、「The Genographic Project」というプロジェクトが紹介されていた。世界中の人たちからDNAを集めて、「人類共通の祖先から現在の人類までの(遺伝学的な)移動ルート」を明らかにしようとしているらしい。

 このプロジェクトに参加すると、実際の自分のDNA解析結果から、祖先がどのようなルートを通って、自分が今ここに居るのかを教えてくれるそうだ。プロジェクトへ参加するには、参加キットを購入して、そのキットを使ってDNAを採取する必要があるのだが、このキットが結構高い。送料抜きで$99.95 (日本円で約1万2千円) なのだが、送料も自己負担なので、送料が加わると$126.5 (約1万5千円) という結構なお値段に。

 値段が値段なので少し迷ったけれど、結局キット購入の申し込みをしてしまった。自分のDNAにどのような歴史が刻まれているかには興味がある。考えてみれば、大学の研究室に居た時に、自分をサンプルにしていろいろ調べてみたりすれば良かったなぁー と思ったりして。自分の唾液のデンプン分解活性を知っている人間なんて、そうそういないだろう (でも、それを分かってくれる人は、さらにいないかもしれないが・・・)。

 「The Genographic Project」のページでは、遺伝学の基礎について説明されているが、英語なのでちょっと分かりづらいかもしれない。時間があれば、ちょろっと解説でもしてみようかと思っている。
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by fkmn | 2006-02-05 00:08 | ライフサイエンス


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