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第7回オープンバイオ研究に行ってきました
オープンバイオ - 第7回オープンバイオ研究会

平日の開催だったんですが、会社の休みを取って行ってきました。久しく学会にもいってなかったので、こういうアカデミックな雰囲気は久しぶりです。

今回は、ビジュアライゼーション特集ということで、見た目から楽しい発表が多かったです。特に、E-Cell 3D のビジュアル的なセンスの良さには脱帽でした。

それから、知り合いが一人もいない(笑)という超アウェイにも関わらず、調子に乗って、懇親会にも顔を出させていただきました。楽しいひとときを過ごさせていただきまして、ありがとうございました >スタッフの皆様
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by fkmn | 2007-10-18 23:55 | 日記
第7回オープンバイオ研究
オープンバイオ - 第7回オープンバイオ研究会
オープンバイオ - 第7回オープンバイオ研究会 アブストラクト

10月17日の16:00から18:00、アップルストア銀座の三階にあるシアタースペースでの発表になります。特に予約などの必要は無く、無料でどなたでも参加して頂けます。ぜひご参加下さい。

Cytoscape Info.: 第7回オープンバイオ研究会詳細


 割と近場だし、テーマも面白そうなので行ってみようかな。僕自身は、「ビジュアライゼーション」的なソフト作るのは苦手です><。

 それにしても、後半のスケジュールが大変な事になってるなぁ。演題1つあたり5分って、LT ですかw。ドラは鳴るんだろーか?
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by fkmn | 2007-10-03 23:55 | ライフサイエンス
「バイオインフォマティクス技術者認定試験」復活
Japanese Society for Bioinfomatics - 平成19年度バイオインフォマティクス技術者認定試験
「バイオインフォマティクス砂漠」経由
平成19年度より新たに日本バイオインフォマティクス学会の主催で「バイオインフォマティクス技術者認定試験」を実施することになりました。

 平成18年度で終了したバイオインフォマティクス技術者認定制度が、JSBiの主催で復活するらしい("復活"という言い方は、もしかしたら正しくないかもしれない)。

 ただ、5000円の受験料(以前の半額)で試験の運営ができるのかが、若干不安ではある。前年度の受験者数が175人(資料(PDF))なので、今年度もほぼ同数の200人が受験すると仮定すると、100万円しか入ってこない事になる。これで、問題作成、会場と試験当日の運営スタッフの確保、採点、受験票と合格証の発行、等々 をこなすのはかなり大変そう。

 むしろ、受験料を下げるよりは、試験の難易度を上げた方が良いのではないだろうか?合格率が75% (←計算して、ビックリした(笑)) の試験なんて、リピーターは減るわ、価値が無くなるわで、主催者と受験者の双方にとって良い事ない気がする。
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by fkmn | 2007-07-28 23:19 | ライフサイエンス
バイオで IT な仕事に就きたい人のために
幻影随想: BioInformaticianを目指す人の為に〜1.方向性を決めよう〜
何を当たり前な事を言われるかもしれませんが、一口にバイオインフォマティクスといってもその仕事の中身は千差万別です。会社・研究組織ごとに得意とする分野も違えば行っている業務も違います。

 良エントリーです。バイオインフォマティクスな仕事につきたいと考えている人は読んでおくべき。

 というか、個人だけではなく組織そのものも方向性を決めなきゃいかんよなぁ。元エントリーの中の人が挙げている3つの方向性を決めかねているバイオインフォマティクスな組織って、結構多い気がする。
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by fkmn | 2007-03-26 23:49 | IT
バイオインフォマティクス技術者認定制度が終了するらしい

この状況を踏まえ、当検定を運営してきました検定委員会ならびに認定事業委員会の委員とも相談しました結果、平成18年度をもちまして検定試験を終了することとなりました。

検定試験終了のご挨拶より引用】


工工エエエエ(´Д`)エエエエ工工

実は、無くなるという話はちょっと前に聞いていたんだけど、Webサイトの方にも正式なお知らせが出ていたのを見つけたので、ご紹介。

受験料と認定証発行手数料合わせて一万円以上が、水泡と帰しました・・・。
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by fkmn | 2007-03-05 23:50 | ライフサイエンス
実験ノートの電子化についてあれこれ
実験ノートの電子化は、IT屋さん的にも課題の多い話ですね。

s2k's eye 2nd Ed.: 実験ノート電子化考(「カエルチュウイホウ」さん経由)
以前に誰かが同じ実験をしていたとしても、それを紙ベースの記録から探し出すのは大変な作業です。そうこうしているうちに、実は同じ失敗実験を何人もの人が繰り返している…なんてことも実際にはあるようです。

 ただし、s2kさんの言う通り、IT屋さんにシステム構築を頼むと、パッケージソフト代+システム構築代みたいな感じで結構な額になってしまうので、結局、「じゃあ、いいです」ってなってしまう事が多いんだけど(苦笑)。

s2k's eye 2nd Ed.: 実験ノート電子化考 (轟 眞市さんのコメント)
このような製品は、投資する価値を見出した組織が導入するものですが、まずは個人が手作りベースでその有効性を体感すべきで、そのような人が増えるべきと思っています。
これは、全くその通りですね。


 それから、組織内での情報共有の仕組みが出来上がってきたら、次は、共同研究などで組織間での情報共有の仕組みなんかも必要になってくるかなぁ。こっちの方は、オープンソースソフトの開発で使われてるような、リポジトリサイト(例えば SourceForge)のシステムが使えそうだとぼんやりと考えてたり。
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by fkmn | 2007-01-22 23:52 | IT
バイオなデータベースをO/Rマッパーで
 先日行われた「第4回オープンバイオ研究会」のスライドが(一部)公開されているのを発見。

 恥ずかしながら、O/Rマッパーって使った事無かったりする。というか、実はSQL大好きっ子だったりするので、SQLを書くのがあんまり苦じゃない(スライド冒頭にあるようなSQLを書くのは日常茶飯事)。だから、O/Rマッパーに対する魅力もあんまり感じてなかったんだけど、ちょっと使ってみようかと思ったりした。

 元々、「ActiveRecord って、主キーに、複合キーではなく、代替キーを使うんでしょ?めんどくさくない?」と思ってたんだけど、むしろ「業務意味のあるカラムを主キーに使うな」みたいな考え方も出てきてるらしい。確かに、O/Rマッパーなんかを使う場合は、そっちの方が良いかもしれない。手動でテーブルをJOINする場合は、主キーに業務意味がないとやりにくかったりするけど。

 それから、Ruby の ActiveRecord は「Active Record」というパターンを元にしている事を今更知ったりする。パターンなんて GoF の23個しか知らなかったよ・・・。
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by fkmn | 2006-11-06 23:21 | ライフサイエンス
「Nucl. Acids Res. Web Server issue」が出た
tetraの外部記憶箱」さんより(NARのページはこちら

 それにしても、この量は何だろう・・・。タイトル眺めつつ、気になるのは Abstract を読んだりして、さらに気になるのは実際にちょっと使ってみたりしてたら、1-2時間はあっと言う間ですよ。

 ただ、ある意味 絶好のまとめページとも言えるわけで、個々をチェックしつつ、全体の流れをつかんでおきたいところ。全体的な雰囲気としては、タンパク質関係のツールが多い感じがする。


気になったサービスを一つメモ。

CUPSAT
 点突然変異導入後のタンパク質の安定性を予測するツール。PDBに登録されている構造(もしくは、自分で作成したpdbファイル)を利用して、任意のタンパク質の1つのアミノ酸を置換した場合の安定性を予測してくれる。

 試しに、過去作った事のある変異タンパクをツールにかけてみた。うーむ・・・、あまり精度よく予測してくれない・・・。やっぱ、この辺の技術は難しいんだなぁ。
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by fkmn | 2006-07-18 23:47 | ライフサイエンス
Bioclipse
ケムインフォマティクスに虚空投げ」さんのエントリーより

 Bioclipse は Eclipse をベースにしたケモ/バイオインフォマティクスのRCP (Rich Client Platform)。一つ残念なのが、Windows と Linux 向けのバイナリしか提供されてないこと。Mac じゃムリポ。

 会社のPCにこっそりインストールして、少し試してみた。やっぱ、Eclipse なので若干重いのが気になるが、化学構造関係の機能はかなり充実していそう。ただ、インストールに若干癖がある(あらかじめ Java の5.0をインストールして、パスを通さないといけない)のが難かな。

 公式サイトのスクリーンショットを見ると、PDBのテキストをその場で編集したり、NMR のスペクトルを管理したり、分子構造式を描いたり 等、相当いろいろな事が出来るようだ。さらに、Pluginでの機能拡張も可能。これはもう、関係者は入れるしかないのでは。
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by fkmn | 2006-06-27 23:45 | ライフサイエンス
岐阜大のBioinformatics Wiki
FrontPage - Bioinformatics-Wiki

 偶然見つけたページ。岐阜大の鈴木 徹 助教授による大学の講義資料。(主に Mac での)バイオインフォマティクスについて、基礎から丁寧に解説されています。「お役立ちソフト」には、様々なフリーツールの紹介もアリ。CLC Free Workbench とか eBiotools(ちなみに、両方とも Mac OS X 用)を知らなかった僕は、もしかしてモグリ?
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by fkmn | 2006-06-26 21:40 | ライフサイエンス


とあるWebアプリケーションエンジニアの日記
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