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オーストラリアのヒト遺伝子突然変異データベース作成計画
GIGAZINE - 人間の遺伝子突然変異データベース作成計画
(元ネタは、こちら

 ヒトの遺伝子疾患のデータベースは、すでに OMIM (Online Mendelian Inheritance in Man) があるけども、これを越えようとしてるんだろうか?それとも、別路線を目指すんだろうか?

 Google が資金提供に興味を示しているらしく、これが技術提供にまで話が進めば、結構凄いものが出来てしまうかもしれない。

 しっかし、科学業界においても、Google の存在は無視できなくなってるなぁ。ここ最近の Nature にも、Google の名前が出ない号は無いくらいだし。
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by fkmn | 2006-06-24 23:41 | ライフサイエンス
Ensembl が v39 へ
 Ensembl のバージョンが39になった(「某のウェブログ」さんより)。以前のエントリー(こことかここ)にも書いたけど、Ensembl みたいな公共データベースからデータを取ってくるシステムを作ったりすると、バージョンアップの時なんかはドキドキもんだ。ちゃんと動いてるだろうか?(特に Ensembl は、API の仕様とか、DBのスキーマとかをしょっちゅういじってるっぽいからなぁ・・・)
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by fkmn | 2006-06-21 23:52 | ライフサイエンス
Ontology Lookup Service
 Ontology Lookup Service (OLS)

 お客さんに教えてもらったオントロジービューアー。バイオインフォマティクスを目的として開発されたが、フォーマット(Open Biomedical Ontology (OBO) format)さえ満たしていれば、特に分野に関係なくデータを取り込んで表示が可能らしい。

 インターフェースにAjaxを使っていて、良い操作感。お客さんも、JavaアプリのDAG-Editより、こっちの方が操作しやすいと言っていた。SOAPでプログラム経由でのデータの取得も出来るらしい。んで、ベースシステムはStruts。かつ、オープンソース。なかなか”今”を意識した作りだ。
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by fkmn | 2006-05-26 23:55 | ライフサイエンス
【どハマり】 プロキシの背後からMySQLサーバー (Ensembl) にアクセスできない・・・
 Ensemblから、データを取得するスクリプトをPerlで作ってます。・・・が、大ハマり中。
 PerlのEnsEMBLモジュールをつかって、EnsemblのMySQLサーバーに接続しようとしてるんだけど、なぜか接続出来ず・・・。

 チュートリアル通りに、次のようなスクリプトを作って、実行すると


use Bio::EnsEMBL::DBSQL::DBAdaptor;

my $host = 'ensembldb.ensembl.org';
my $user = 'anonymous';
my $dbname = 'mus_musculus_core_37_34e';

my $db = new Bio::EnsEMBL::DBSQL::DBAdaptor(
-host => $host,
-user => $user,
-dbname => $dbname);

my $gene_adaptor = $db->get_GeneAdaptor();



 下のエラーが表示される。


Could not connect to database mus_musculus_core_37_34e as user anonymous using [DBI:mysql:database=mus_musculus_core_37_34e;host=ensembldb.ensembl.org;port=3306] as a locator:
Unknown MySQL server host 'ensembldb.ensembl.org' (11004) at {EnEMBLモジュールのパス}/Bio/EnsEMBL/DBSQL/DBConnection.pm line 199.



 エラーを見る限り、ensembldb.ensembl.org っていうのをDBI::MySQL がホスト名として認識してないっぽい。このアドレスに ping を打っても、nslookup しても色よい返事が無いあたり、問題はネットワークにありそう。

 Web上でネットワークをテストしてみたらきちんと返事が返ってくる。うーん、やっぱプロキシ?ローカルのMySQLにはちゃんと繋がるし。

 たぶん、こんな感じなんだと思う。
Ensembl (MySQLサーバー) >>> (越えられない壁 (プロキシ)) >>> 僕のPC

 今日一日、ほとんどこれでつぶれたよ。トホホ・・・。誰か、解決方法知らないですか?

5/17 追記
 社内の人に解決策を聞いてみたところ、「MySQLプロトコル(port:3306)用のプロキシが用意されていないから、プロキシを越えるのは不可能じゃないか?」とのこと。うーん、納得。こりゃ、お客さんとこで開発するしかないなぁ・・・。
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by fkmn | 2006-05-15 23:42 | IT
遺伝子発現データベースが数十分で出来あがる

 もう時代は「Lightweight Language + MVCフレームワーク」で決まりだな、と確信させられてしまうようなエントリー。仕事なんかでも、バリバリこのあたりの技術を使っていきたいところだけど、会社の雰囲気的にはやっぱり Java > Perl な感じなんだよなぁ (Rubyに至っては、「そんなダジャレみたいな名前の言語使えるわけ無いじゃんw」位のレベル)。

 というか、今担当している案件はWindowsアプリ中心だから、そもそもWebアプリの技術を活用できる場なんてほとんどないんだけど。


 5/14 追記
 ichanさんが作った遺伝子発現データベースに、nakao_mitsuteruさんがウェブサービスAPIを追加。

 構成的 - 11 分のあれに 5 分くらいでウェブサービス API を追加するシナリオ

 RoRすごい
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by fkmn | 2006-05-10 23:38 | ライフサイエンス


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