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RIKEN Podcast
 RIKEN Podcast なるものが nature.com から配信されているのを偶然発見した。

Home : Riken podcast
The RIKEN Podcast each month highlights some of the best research recently published by RIKEN, one of Japan’s leading research organizations, by interviewing RIKEN researchers about their work.

 ここに nature.com が配信している Podcast の一覧があるんだけど、Genetics Podcast とか Physics Podcast みたいな一般的なテーマの中に、一研究機関の名前を冠した Podcast が混ざってるのには、ちょっとした違和感を感じる。まぁ、別に悪いことじゃない、というか良いことなんだろうけど。

 結局、これは、理研が nature (と島津製作所) の力を借りて Podcast を配信している、という捉え方で良いんだろうか?
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by fkmn | 2008-09-08 23:55 | ライフサイエンス
Re: プログラマーに比べ、バイオ研究者に飛び抜けた才能が現れない理由のひとつ
元分子生物学専攻で、ドロップアウト(?*)を経て今IT貧乏(笑)のオレがきましたよ(参考)。
(* いや、ドロップアウトというか、まだライフサイエンス業界には残ってるつもりではあるんですけどね。)


プログラマーに比べ、バイオ研究者に飛び抜けた才能が現れない理由のひとつ - バイオ研究者見習い生活 with IT

で、なんか書こうと思ったけど、個人的には、Hashさんのまとめの意見にほぼ同意。

  • 楽しみながらあれこれ試す風習がない
    • その基盤が未だない
  • ITみたいに、「思い立ったときに何処でも誰でも試行錯誤」ができない。
    • 人工的に生命をあれこれするわけだから、バイオハザードを考えると無理。
    • 施設と知識がなければ、そもそものスタートラインにたてない
      • 対してITは、たとえば僕が自宅の古いWindowsにLinux入れたいと思ったらWebに必要なリソースと情報がすべて揃っている
  • 試行錯誤の1サイクルが長い
    • 遺伝子組み替えて一晩、培養して一晩…
    • 1年研究してても、方向転換は1,2回まで
  • 扱う対象が生命であるため、おもしろがってハックすると倫理的にいろいろ言われる
  • 操作とその効果がすぐ目に見えない。
    • 視覚化それ自体が研究テーマになるくらい


 ただし、一カ所だけツッコミ。
でも現状は、プライベートなバイオロジーという考え方自体が不可能なわけで。
これはそんなことないですよ。Make Vol.2 では、「バックヤード・バイオロジー」という特集が組まれています。表紙にはでかでかと「生物をハックする」という文字が。家庭にある材料で、電気泳動とかPCR装置を作ったりする方法が紹介されてます(サンプルPDF はこちら)。

 こういう「バックヤード・バイオロジー」みたいなことが一般的になってくれば、日本からもいろんな才能が出てくるのかもしれませんね。
 

Make: Technology on Your Time Volume 02
Amazon.co.jp: Make: Technology on Your Time Volume 02: オライリー・ジャパン: 本
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by fkmn | 2008-04-14 23:55 | ライフサイエンス
PCR の歌
吹いた(笑)
Bio-Rad - Scientists for Better PCR

#以下のエントリ経由
いいなぁ。素晴らしい、このセンス。
日本の企業にも、こういうセンスが欲しいなぁ。


それにしても、国内のバイオ産業は、暗い話ばっかですねぇ。

ああ、いかん。話題が逸れた。
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by fkmn | 2008-03-31 23:27 | ライフサイエンス
次世代(DNA)シーケンサ
 次世代シーケンサが、いよいよ目の前の、対応しなければいけない事実として浮かび上がってきた。

 次世代シーケンサというのは、一言でいえば、今までのものと比べて、すごく高性能な (DNAの) シーケンサ(配列決定装置)。次世代シーケンサに付いては、幻影随想: 次世代ゲノムシーケンサの本命は?というエントリによくまとまっている。

 で、システム屋的に問題になってくるのが、そのデータの量。1回のランで、数ギガのデータが出てくるんですわ。そして、次世代シーケンサってのは、まだまだ精度的にそんなに高いわけではないので、何回か繰り返し測定して確度を高めていくわけだけれども、そのたびにどんどんデータ量がかさんでくる。正直、データを貯めるだけでいっぱいいっぱいですよ。

 そして、そんな現状で既に持て余しているような状況なのに、さらにスピードアップしたシーケンサが先日発表されたのだとか(統合ぐらし(2008-02-12))。なんと、1時間に100ギガ塩基、ヒトゲノムだと4分で読み終わってしまうらしい。


 いやはや、大変な事になってきた。
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by fkmn | 2008-02-20 23:55 | ライフサイエンス
スタンドが Cell の表紙を飾る日
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Cell Online (ウェブ魚拓)
ウェブ魚拓は「赤の女王とお茶を」さんから

 人気漫画「ジョジョの奇妙な冒険」で知られる荒木飛呂彦さんのイラストが、7日付の米科学誌「セル」の表紙を飾った。同誌に掲載された日本人研究者の研究内容をイメージ化したもので、医学や生物学の分野で権威のある同誌の表紙を、日本人漫画家が描くのは異例だ。

時事ドットコム:人気漫画、米科学誌表紙に=日本人研究者論文、イメージ化−「ジョジョ」荒木さんより引用】


「さすが荒木! おれたちにできない事を平然とやってのけるッ 
 そこにシビれる! あこがれるゥ!」

 知ってる人には言うまでもないですが、Cell という雑誌は、NatureやScience とならんで、科学界で最も権威のあるとされる雑誌です。そんな雑誌の表紙を、荒木飛呂彦のイラストが飾る日が来ようとは。

 しっかし、研究成果のイメージをイラストにする、なんて、日本人以外には、まず発想として出てきそうもないよなぁ。海外の人の実際の反応はどうなんだろうか?


 最後に、どうでもいい話。実は僕は、荒木飛呂彦といろんな属性がかぶっていて、出身地(仙台)、星座(双子座)、血液型(B型)、が同じだったりします。おまけに「老けない」ともよく言われたり。いや、ホントどうでもいい話ですね。
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by fkmn | 2007-09-07 22:26 | 日記
ジェームズ・D・ワトソンが自分のゲノム情報を公開するらしい
asahi.com: ワトソン博士、自分のゲノム公開 DNA構造発見者 - サイエンス(「www.textfile.org」経由)
 DNAの2重らせん構造を見つけ、1962年にノーベル医学生理学賞を受けた米国の分子生物学者ジェームズ・ワトソン博士(79)のDNAの全遺伝情報(ゲノム)が今月末に公開されることがわかった。28日発売の米誌ニューズウィークが報じた。だれのものか分かるゲノムが公開されるのは初めてだ。

生物ネタも、すごく久しぶりな気がするw。

ワトソンも、もう79歳なんだなぁ。もうちょっと若いイメージがあったけど。


で、ちょっと気になったんだけど、
だれのものか分かるゲノムが公開されるのは初めてだ。
これには、ベンターは含まれてないのかしらん?「セレラが公開したヒトゲノム情報には、ベンター以外の人間に由来するものも含まれてるよ」とかそういう事なんだろうか?

ググって見たらこんな記事が見つかって、そこには
ところが、セレーラ社の場合、ほとんどの解析データが、社長自らのデータだった、というのです。
とあるから、由来が明らかなゲノム情報が公開されるのはワトソンのものが初めて、というのはちょっと語弊があるような気がする。
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by fkmn | 2007-05-30 23:55 | ライフサイエンス
バイオで IT な仕事に就きたい人のために
幻影随想: BioInformaticianを目指す人の為に〜1.方向性を決めよう〜
何を当たり前な事を言われるかもしれませんが、一口にバイオインフォマティクスといってもその仕事の中身は千差万別です。会社・研究組織ごとに得意とする分野も違えば行っている業務も違います。

 良エントリーです。バイオインフォマティクスな仕事につきたいと考えている人は読んでおくべき。

 というか、個人だけではなく組織そのものも方向性を決めなきゃいかんよなぁ。元エントリーの中の人が挙げている3つの方向性を決めかねているバイオインフォマティクスな組織って、結構多い気がする。
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by fkmn | 2007-03-26 23:49 | IT
田舎に同じ苗字の人が多い理由、ミトコンドリア・イブの誤解
苗字の多様性が減って問題があるのかどうかは不明ですが、現象としてはあるかもと想像してみました。
Geekなぺーじ:日本中が佐藤さんと鈴木さんになる日

 日本全体の規模で考えるとちょっと分かりづらいけど、田舎のように規模が小さくて、そしてある程度外部との交流が限られていたりする場所では、割と普通に見られる光景ですよね。「この辺、XXさんばっかじゃねーか」みたいな。

 話のスケールを少し大きくすると、実はミトコンドリア・イブというのも、これと同じ現象から来ています。人類発祥初期のまだ人類の数がそれほど多くない時期に、遺伝的変動によって "偶然" 残った1系統の祖先の女性が「ミトコンドリア・イブ」だというのが、本当の話です。ミトコンドリア・イブの存在は、「イブ一人から人類が始まった」ということを表しているわけではありません。
(参考:ミトコンドリア・イブ - Wikipedia

 ミトコンドリアも、苗字と同じように、片親からしか受け継がれませんから、上記二つの話は、基本的には同じ話です。なので、遠い将来、日本人の苗字が数種類にまで減ってしまうというのは、「妄想」という程のものでもなかったりします。(ただ、そんなに長い間、日本という国があるのか?むしろ、人類文明が残っているのか?となると、はなはだ疑問ですが。)


*この辺りの話を、数式できちんと説明できればカッコいいんだけど、僕にはそういう素養は無いので、検索して見つけたエントリーを置いておきます。「Geekなぺーじ」さんのコメント欄でも、同じエントリーが投稿されてるけど、あれは僕ではありませんので、あしからず・・・。

参考:最尤日記: イブは何人? --- 単為生殖の系統生存確率
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by fkmn | 2007-02-25 23:47 | ライフサイエンス
ネアンデルタール人ゲノム解析とその配列決定手法
ネアンデルタール人のゲノム断片の解読と解析に成功 - ウィキニュース
ドイツとアメリカ合衆国の研究グループによって、ネアンデルタール人 Homo neanderthalensis のゲノムが解読された。両グループの研究結果は11月16日の英ネイチャー誌と11月17日の米サイエンス誌に報告された。今回の解読は全遺伝情報を網羅したものではないが、化石標本からのゲノム解析が可能であることを示した例となる。

  ドイツの Pääbo らのグループが約100万塩基対、アメリカの Rubin らのグループが約6万5千塩基対を、化石になった骨から解析したらしい。Natureでは、Webの特集ページが組まれている(原著論文もフリーで読める)。

 ネアンデルタール人のゲノム解析とか、化石化した骨からのDNA配列の決定とかにももちろん興味を引かれるけど、個人的に印象に残ったのは、その配列決定手法。

 アメリカのグループは正攻法(要はゲルとかキャピラリーでの電気泳動)で配列を決めたらしいんだけど、ドイツのグループは、従来とは異なる、ビーズを使った方法で配列を決めたらしい。この採用した手法の違いが、そのまま100万 vs 6.5万というスループットの差に反映されてるんだろうか? 時代は確実に変化してるんだという事を今更ながら実感。

 ちなみに、ビーズを用いた配列決定法の原理については、Flash による説明があった(「kaho の日記」さん経由)。

 次は、クロマニョン人あたりのゲノム解析だろうか?(むしろもう始まっていたり?)
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by fkmn | 2006-11-26 23:44 | ライフサイエンス
10/7 のサイエンスZERO
 10/7放送の「サイエンスZERO」について。
 興味のある内容だったので、久々にテレビの前に座って、番組を見た。

 この日のタイトルは、「生命の営みをになうタンパク質」。最近の(日本の)タンパク質研究についての紹介が主な内容。

 話題は以下の3つ。
  1. タンパク質研究のがん治療への応用
  2. タンパク質の立体構造について(タンパク3000プロジェクトとか)
  3. 人工タンパク質

 タンパク3000 については批判もある (Nature 443, 382; 2006) みたいだけど、タンパク質研究では日本が国際的にリードしようというチャレンジは、個人的には応援したい。

 それから、番組で紹介されていた人工タンパク質については、理研のプレスリリースがあった。そういえば、以前にこの記事を見た覚えがあるなぁ。最終的には、ありとあらゆる人工タンパク質を合成できるようになる事が理想なんだろうけど、そこまで行くには、まだまだ道は遠そう。
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by fkmn | 2006-10-08 23:33 | ライフサイエンス


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